При самостоятельной генерации сертификата с помощью команды step ca certificate необходимо учитывать, что по умолчанию данная команда генерирует - не RSA ключи, а ECC ключи - elliptic curve keypair.
Для корректной работы Zodiac необходимо сгенерировать RSA сертификат и использовать его для серверов.
Мы рекомендуем всю цепочку сертификатов генерировать как RSA сертификаты - RSA корневой/RSA промежуточный/RSA сертификат сервера.